Разумеется, непосредственным поводом для такой конструкции является связь многих гностиков со змеями – от библейского «змея-искусителя» до гностической секты офитов. Название «Панарион» буквально означает аптечку, содержащую в себе различные лекарства и противоядия. Поэтому в конце каждого раздела трактата читателю «дается» это самое противоядие. Число ересей, которые описывает Епифаний, равно 80-ти, причем этому числу придается особое значение, поэтому, чтобы его получить, наш автор искусственно делит некоторые ереси.[103][7] 

После пространных предваряющих рассуждений (обычно на них ссылаются как Panarion, proem.) в первом собственно ересиологическом разделе (Panarion, haer.) трактата говорится о дохристианских ересях. Точнее, Епифаний называет их не ересями, а «материнским чревом» ересей (Panarion, proem., I 3, 3; 5, 2; Panarion, haer. LXXX, 10, 4). Тем не менее, они все-таки являются по мысли Епифания ересями. Так понятие ереси значительно расширяется.[104][8] Следующий раздел посвящен гностикам и другим «древним еретикам» (Pan. haer. XXI–LVI), а последний раздел касается современных еретиков, к которым относятся в основном те направления в современном Епифанию христианстве, с которыми он был не согласен (LVII–LXXX). Прежде всего, конечно, достается Арианам, затем – Оригену. Заканчивается трактат пространным заключением (Panarion, de fide). Каждая из трех ересиологических частей предваряется краткой сводкой (Anakephalaeosis). Этот текст получил независимое от самого трактата распространение. Именно его использовал Августин в своем сочинении (Contra omnes haereses), при этом сам трактат Епифания он, скорее всего, не знал. Названия, которые Епифаний дает большинству рассматриваемых им сект, как он сам признается, придуманы им самим. Так появляются «керинтиане», «птолемеане», «колорбассиане», «апеллеане» и тому подобные «ереси».[105][9] Как видим, имена просто образуются от имени предполагаемого основателя ереси.

О своих источниках Епифаний высказывается таким образом:

«Часть тех сведений, которые я намерен изложить, я раздобыл в процессе скрупулезных исследований. О некоторых вещах я слышал от других, но кое-что видел собственными глазами и слышал своими ушами. Я уверен в том, что cведения о происхождении, учениях и деяниях тех сект, о которых я рассказываю, достоверны.  Я получил эти сведения либо из трудов древних, либо из верных источников» (Pan., proem., II 2, 4)

Таким образом, среди источников Епифания числятся личные наблюдения, письменные источники и свидетельства современников «которым можно доверять». Разумеется, доверия заслуживают только ортодоксальные с точки зрения Епифания свидетели и авторы, что значительно уменьшает нашу уверенность в их достоверности.

Среди использованных письменных источников сам Епифаний называет Иринея, Климента Александрийского и Евсевия. Кроме того, он использует трактат псевдо-Тертуллиана и ныне утраченную Синтагму Ипполита (или их общий источник, поскольку эти два последних трактата схожи до такой степени, что высказывалось даже предположение, что трактат псевдо-Тертуллиана и есть Синтагма). Достаточно часто он ссылается и на псевдо-Климентины. Значительная часть двух книг трактата, специально посвященных гностикам, восходит к Иринею. Епифаний просто переписывает соответствующие секции Adv. Haer., в результате, благодаря его усилиям, мы в настоящее время имеем греческий текст почти всей первой книги арти-гностического трактата Иринея. Следует отметить, однако, что в некоторых случаях Епифаний предпочитает использовать другой источник. Например, доктрина офитов им излагается не по Иринею. Примечательно также, что ту доктрину, которую Ириней приписывает последователю Валентина Марку, Епифаний преподносит как учение другого ученика Валентина Гераклеона.[106][10] Возможно, что в разделе XXI цитируется Apophasis Megale, известный из трактата Ипполита. В секции XXXIII полностью цитируется Послание Флоре Птолемея, иначе как из Епифания не известное. В секции XXXI Епифаний также цитирует неизвестный гностический документ. В секции LXII содержится самый подробный из сохранившихся очерков канона писания, которого придерживались последователи Маркиона. Наконец, тринадцать секций являются полностью новыми и не имеют параллели ни в одном раннем труде. Некоторые тексты из коптской гностической библиотеки подтверждают свидетельства Епифания.