Твердая религиозность, нежелание делать уступки и суровое обличительное слово Иоанна создали ему много врагов. Аркадий подчинился этому течению и открыто высказался против патриарха, который удалился в Малую Азию. Происшедшее народное волнение в столице из-за удаления любимого пастыря заставило императора вернуть его обратно. Но мир между правительством и патриархом продолжался недолго. Освящение статуи императрицы дало повод к новому горячему выступлению Иоанна. Он был объявлен лишенным сана, и его последователи, иоанниты, подвергались преследованиям. Наконец, в 404 году Иоанн был отправлен в ссылку в каппадокийский город Кукуз, куда он прибыл после длинного, тяжелого путешествия. Это было, по словам Иоанна, “самое пустынное место всего государства.” [121] Через три года пришло распоряжение о новой ссылке Иоанна на далекое восточное побережье Черного моря, по пути куда он в 407 году и умер. Так закончил свою жизнь один из наиболее выдающихся представителей восточной церкви раннего средневековья. Заступничество папы и западного императора Гонория перед Аркадием за преследуемых Иоанна и иоаннитов не увенчалось успехом.

        Иоанн оставил после себя богатое литературное наследство, которое рисует яркую картину общественной и религиозной жизни той эпохи, не убоявшийся открыто выступить против арианских притязаний всесильного Гайны, отстаивавший с убежденным упорством идеалы апостольской церкви. Иоанн Златоуст, по выражению одного писателя, останется всегда одним из прекраснейших нравственных примеров, какие только может созерцать человечество. “Он был безжалостен ко греху и исполнен милосердия к грешнику.” [122] Аркадий умер в 408 году, когда его жена Евдоксия уже скончалась, а его сыну и преемнику Феодосию было только семь лет.