Выявляя в зависимости от вида болезни различные способы защиты в тех случаях, когда клинический опыт (ср. „Исследования истерии“) позволял восстановить различные этапы этого процесса (всплывание в памяти неприятных эмоций как побуждение к защите, группировка сопротивлений, распределение патогенного материала по различным уровням и пр.), Фрейд пытался также построить метапсихологическую теорию защиты. Эта теория с самого начала предполагала устойчивое разграничение между наплывом внешних возбуждений, от которых можно отгородиться заслоном (см.: Слой защиты от возбуждений), и внутренними возбуждениями, избавиться от которых вообще невозможно. Против этой внутренней агрессии – или, иначе говоря, против влечения – и направляются различные защитные механизмы. В „Наброске научной психологии“ (Entwurf einer Psychologie, 1895) Фрейд ставит проблему защиты двояким образом:

1) ищет истоки так называемой „первичной защиты“ в „опыте страдания“ подобно тому, как прообразом желания и Я  как сдерживающей силы был „опыт удовлетворения“ – Во всяком случае, в „Наброске“ эта концепция не изложена с такой отчетливостью, как опыт удовлетворения (а).

2) Стремится отличать патологическую форму защиты от нормальной. Нормальная защита осуществляется при переживании вновь прежнего болезненного опыта; при этом Я  с самого начала было призвано устранить неудовольствие посредством „побочных нагрузок“: „Когда мнесический след вновь оказывается нагруженным, вновь возникает и чувство неудовольствия, однако ведь Я  уже проложило свои пути, а по опыту известно, что повторно испытываемое неудовольствие меньше прежнего, покуда в конечном счете оно не сводится к раздражению, с которым Я  в состоянии справиться“ (la).

В результате такой защиты Я  удается уберечься от поглощения и пропитки первичным процессом, что обычно происходит при патологических защитах. Как известно, Фрейд считал, что патологическая защита возникает как последствие зрелища сексуальной сцены: в свое время это потребовало защиты, но в воспоминании вызвало прилив внутреннего возбуждения. „Внимание обычно обращается на восприятия, порождающие неудовольствие. В данном случае речь идет не о восприятии, но о мнесическом следе, который неожиданно приводит к высвобождению неудовольствия, аЯ  узнает об этом слишком поздно“ (1b). Это и объясняет, почему „… действия порождают следствия, которые мы, как правило, наблюдаем лишь в первичных процессах“ (1с).

Возникновение патологической защиты обусловлено, таким образом, приливом внутреннего возбуждения, порождающего чувство неудовольствия при отсутствии необходимых защитных навыков. Следовательно, патологическая защита порождена не силой аффекта как такового, но особыми условиями, которых мы не видим ни в случае самого мучительного восприятия, ни в случае воспоминания о нем. Эти условия, по Фрейду, наличествуют лишь в сексуальной области (см.: Последействие; Соблазнение).