Значительный интерес представляет вопрос о происхождении названия города, породивший большую филологическую дискуссию. Греческий лингвист Хаджидакис показал, что оно произошло от названия Μυζηθρς путем сокращения безударной гласной η, благодаря чему Μυζηθρς превратилось в Μυσθρς или Μυστρς.⁶⁵ Тщательное лингвистическое исследование Хаджидакиса, казалось бы, не позволяло сомневаться в его выводах, которые подтверждаются рядом аналогичных работ. Однако уже через некоторое время возникло сомнение, действительно ли Μιστρς произошло от Μιζιθρ. В работе Камбуроглу была высказана гипотеза о происхождении Μιστρς или от μιστρ, или от арабского μίσρ, что означает «город».⁵⁶ С этой версией арабского происхождения названия «Мистра» согласился и Симеонидис, автор последней работы на эту тему, однако он выводит это название не от μίσρ, а от арабского μίτζρα — «ручей», полагая, что позднее это слово, ставшее топонимом, дало название и холму, и считая, что оно не имеет отношения к эпониму Μυζηθρς.⁵⁷ Нам эти последние этимологии кажутся слишком сложными, чтобы быть правдоподобными или по крайней мере бесспорными.

Но откуда появилось само название «Мизитра» или «Мизистра»? Народная традиция связывает его с наименованием определенного сорта сыра — козьего. Ла Гилетьер писал, что Мизистра — это название горы и ручья, на которых расположен город. «Так как скалы и берега вокруг переполнены стадами коз и так как из молока этих животных там делают прекрасные сыры, называемые в простонародье Мизитрой, то большинство жителей говорили мне, что отсюда и произошло это современное наименование». ⁵⁸

Эту этимологию, показавшуюся Ла Гилетьеру смешной, не приняли сначала и исследователи. Дюканж считал наоборот: из названия местности — Μυζηθρς — было выведено и название сыра — μυζήθρα,⁵⁹ а греческий автор Каппотос вообще утверждал, что название города Μυζηθρς, не имея ничего общего с названием сыра μυζήθρα, является искажением французских слов maison du trône и означает местонахождение столицы Морейского княжества. ⁶⁰ Ошибочность последнего мнения очевидна. Хаджидакис правильно заметил, что «кажется совершенно невероятным такое законченное превращение наименования за столь короткое время от постройки крепости в 1249 г. до написания Морейской хроники, в которой и присутствует в разных вариантах наименование Μυζηθρς».⁶¹ Опубликованная Шмиттом копенгагенская рукопись Морейской хроники сообщает, что князь Гийом назвал крепость Мизистрой, потому что τ κραζαν οτως.⁶² Фраза достаточно неясная и даже неудобная для перевода. Что означает слово τ? Холм, который раньше назывался Мизистрой? Хаджидакис считает, что это было именно так, ибо мотивировка не могла бы иметь никакого смысла, если бы она не относилась к холму. Сле-{16}довательно, заключает он, и наименование крепости не могло быть западноевропейским, французским.⁶³ Фальмерайер тоже убежден, что никогда бы французскому феодалу не пришло в голову наименование Мизитра.⁶⁴ Однако в соответствии со своей чересчур тенденциозной и скомпрометировавшей его «славянской теорией» он и в отношении Пелопопнеса утверждает, что с приходом славян на полуострове «многое, да почти все стало новым», делая такой вывод на основании сравнения морейских местных названий со старогреческими.⁶⁶ В частности, он полагал, что и наименование Мизитра или Мизистра, слог стра которого есть общее окончание славянских собственных или нарицательных имен, как и слоги ова, ица, аст, ост, совершенно противоречит природе греческого языка и является славянским по происхождению.⁶⁶ Работы лингвистов опровергают эти выводы Фальмерайера и сторонников славянского происхождения этого названия.⁶⁷ Исследуя этимологию слова μυζήθρα (сорт сыра в Греции), Кораис показал возможность его происхождения от слова μύζω — сосать, а Мейер (G. Meyer) — от слова ζυμόω — квасить, полагая, что ζυμήθρα — это перевернутое μυζήθρα. Продолжая их исследование, Хаджидакис проследил органическое развитие μυζήθρα (сорт сыра) в μυζηθρς (название изготовителя и продавца этой мизитры), причем это профессиональное имя могло, очевидно, стать собственным Μυζηθρς.⁶⁸ Постепенно местность получила название по имени ее владельца.