Никейская империя имела своего греческого православного патриарха, который, имея местопребывание в Никее, продолжал носить титул патриарха Константинопольского. Но сами никейцы смотрели на перенесенный к ним патриарший престол, по словам современника, как на “чужой и присоединенный,”[535] который, как они надеялись, будет со временем возвращен в Константинополь, на свое настоящее место, Иннокентий III не признавал в первом никейском государе Феодоре I Ласкаре ни императора, ни даже деспота, называя его в своем послании просто “благородным мужем Феодором Ласкарем” (nobili viro Theodoro Lascari).[536] B этом ответном послании Ласкарю папа, не оправдывая лично насилий крестоносцев при взятии Константинополя, тем не менее ссылается на то, что латиняне явились орудием Провидения в деле наказания греков за их отрицание главенства Римской церкви и что единственно правильным с их стороны было бы теперь вполне подчиниться римскому престолу и латинскому императору. Это папское увещание успехом не увенчалось.

          Весь интерес церковных отношений в Никейской империи сводится к ряду попыток в форме собеседований или переписки найти пути сближения между обеими церквями. В самой Никейской империи были люди, например, митрополит Эфесский Николай Месарит, которые склонялись к сближению и соглашению с Римской церковью, однако греческое население никогда не было склонно к принятию унии. Иоанн III Ватац особенно казался расположенным принять унию, но руководствовался он в данном случае лишь политическими интересами. Прежде всего, он был встревожен избранием храброго Жана де Бриена, бывшего короля Иерусалимского, сперва регентом, а затем и соправителем малолетнего в то время Константинопольского императора Балдуина II. Жан де Бриен, при поддержке папы, мог начать вести против империи опасную наступательную политику. Поэтому Ватац и постарался отвлечь внимание папы от Латинской империи.