В 1232 году францисканские монахи (минориты) прибыли в Никею из турецкого плена и начали переговоры с патриархом Германом II по поводу объединения церквей. Иоанн Ватац и Герман II встретили их хорошо, и минориты доставили папе Григорию IX письмо патриарха, в котором последний предлагал папе в качестве предмета для размышления объединение церквей.[537] Григорий IX охотно отозвался на это предложение и в 1234 году послал в Никею множество своих представителей. Собор сначала собрался в Никее, затем он был перенесен в Нимфей. В обсуждении вопросов решающая роль принадлежала Никифору Влеммиду.[538] Течение дискуссий собора 1234 года очень хорошо известно благодаря сохранившемуся подробному отчету.[539] Переговоры однако закончились провалом, и папские легаты вынуждены были удалиться под крики собравшихся греков, которые кричали: “Вы еретики! Мы нашли вас еретиками и отлученными, мы вас, еретиков, отлученными и оставляем!” В свою очередь католические легаты кричали грекам: “Еретики вы сами!”[540]

          На Лионском соборе 1245 г., преемник Григория, папа Иннокентий IV, объявил, что он огорчен “схизмой Романии, то есть греческой церкви, которая в наши дни, всего несколько лет назад, высокомерно и безумно оторвалась и отвернулась от лона своей матери, как от мачехи.”[541] “Два государства, — писал А. Люшер, — две религии, две расы, всегда глубоко отделенные друг от друга, сохраняли в отношении друг к другу то же положение вражды и недоверия.”[542] Союз Иоанна Ватаца с Фридрихом II Гогенштауфеном еще более осложнил отношения между Никеей и папским престолом, хотя к концу царствования Фридриха переговоры между Никеей и Римом начались вновь, и имел место обмен посольствами.