Византийское правительство, однако, ошиблось в своих расчетах на роль поселенных на Балканском полуострове восточных сектантов. Во-первых, оно не предполагало возможности быстрого и широкого распространения ереси, что на самом деле случилось. Во-вторых, богомильство сделалось выразителем национальной славянской и политической оппозиции против тяжелого византийского управления в церковной и светской областях, особенно в пределах покоренной при Василии II Болгарии. Поэтому вместо того, чтобы защищать византийские пределы от северных варваров, богомилы призывали печенегов для борьбы против Византии. К печенегам присоединились куманы (половцы).

          Борьба с печенегами, несмотря на временные удачи, была очень тяжела для Византии. В конце восьмидесятых годов Алексей Комнин потерпел у Дристра (Силистрии), на нижнем Дунае, страшное поражение и сам едва спасся от плена. Только раздоры из-за дележа добычи, возникшие между печенегами и куманами, не позволили первым на этот раз вполне использовать свою победу.

          После короткого отдыха, купленного у печенегов, Византия должна была пережить ужасное время 1090-1091 годов. Вторгшиеся снова печенеги после упорной борьбы дошли до стен Константинополя. Анна Комнина рассказывает, что в день празднования памяти мученика Феодора Тирона жители столицы, посещавшие обычно в громадном числе находившийся в предместье за городской стеной храм мученика, не могли сделать этого в 1091 году, так как нельзя было открыть городских ворот из-за стоявших под стенами печенегов.[22]