В 1204 году папский легат предпринял первую попытку добиться согласия от греческого духовенства на признание папы главой их церкви. Переговоры проходили в Св. Софии в Константинополе, но успеха не имели.[531] Весьма важную роль в переговорах этого времени играл Николай Месарит, впоследствии епископ Эфесский, личность и деятельность которого впервые по-настоящему оценены А. Гейзенбергом. В 1205-1206 гг. переговоры продолжились. Николай из Отранто, аббат южно-итальянского города Касоле, принимал участие в переговорах как переводчик; придерживаясь православных взглядов, он признавал, подобно всему клиру Южной Италии, примат папы и был сторонником унии. Николай из Отранто, который оставил немало поэм и прозаических сочинений, большинство из которых не опубликовано, заслуживает, как справедливо заметил А. Гейзенберг, специальной монографии.[532] Позиция греческого клира стала более сложной, когда в 1206 году патриарх Константинопольский Иоанн Каматир умер в Болгарии, убежав туда от крестоносцев. С разрешения императора Генриха, греческий клир Латинской империи обратился к Иннокентию III за позволением избрать нового патриарха. Генрих позволил избрать патриарха при том условии, что тот признает главенство папы. Греки, однако, не хотели ни подчинения Святому Престолу, ни примирения с ним. Поэтому-то ни к чему не привел диспут, имевший место в том же 1206 году, когда во главе латинян стоял латинский патриарх Фома Морозини, а греков возглавлял Николай Месарит. Греки Латинской империи стали поворачиваться к Феодору Ласкарю.[533] В 1208 году новый православный патриарх, Михаил Автореан, был избран в Никее. Он короновал Феодора Ласкаря императором Никеи. Это был великий момент не только для Никеи, но также и для греков Латинской империи.